Den er første gang nævnt i 1289, hvor hr. Niels Henriksen til Knabstrup dømmes ved Danehof i Nyborg som medskyldig i mordet på Kong Erik Glipping i Finderup Lade i 1286. Ellers er ejerne først rigtigt kendt fra Dronning Margrethe I (død 1412) fulgt af adelsslægterne Laxman, Thott og Trolle.
Ved Nationalmuseets udgravninger i 1940’erne fandt arkæologerne rester af et porttårn dateret til 1200-tallet. Desuden rester af Iver Axelsen Thotts borg, der var bygget i 1440.
Borgen var anbragt på en halvø, som strakte sig ud i en opdæmmet, lavvandet sø ved navn Halesøen. Dæmningen, som må være fra senest 1200-tallet, ligger der stadig, selvom søen er afvandet.
I middelalderen var herregårdene adskilt af skove der blot lå hen med hassel, birk, ene, elm, skovfyr, el, lidt bøge og enkelte store ege. Det er noget af det egetømmer, der nu sidder i bygningerne.
I 1500-tallet stødte herregårdenes jorder så op til hinanden: Kongsdal mod syd og Torbenfeldt mod vest. Der er beretninger om at herremændene mødte op med deres bønder for at kæmpe om fiskerettigheder på Halesøen.
Der er tilsvarende skriftlige beretninger om såkaldte ”oldingetog” hvor gamle mænd på egnen var med til at banke pæle i jorden for at fastlægge grænsen mellem herregårdene til bekræftelse af, hvor grænsen gik ”i gamle dage”. Det er rimeligt at antage, at Knabstrup blev den lille under disse nabostridigheder; derfor blev gården flyttet ind midt på den nuværende ejendom.
Familien Castenskiold ejede gården en kort periode midt i 1700-tallet. De medbragte negerslaver fra Dansk Vestindien. Det antages, at der var tale om håndværkere; de fik bolig i Sct. Thomas Huset. Sct. Thomas huset led alvorlig skade ved en påsat brand i 2013. Det er genopbygget med det oprindelige fundament og det oprindelige egetømmer.
På det tidspunkt lå Knabstrups bøndergods spredt henved 10 km i hvert verdenshjørne – små bidder hist og her. Lunn brugte de første 18 år på at mageskifte bønderjorder, så han i 1794 fik samlet bøndergodset i landsbyerne omkring hovedgården. Det var Vented, Bakkerup, Dramstrup, Snævre, Krøjerup, Lille Knabstrup, Sibberup og Sdr. Jernløse.
Bøndernes ”husleje” var hoveriarbejde (pløjedag, køredage, høstdage etc.) og fæsteafgifter for den gård, de boede på og som de selv drev. Over Knabstrup Møllebæk lige nord for den nuværende Skovvej kan man stadig se et ”vad”, så bønderne fra Bakkerup kunne komme ad den vej til hoveriarbejde på godset. På Knabstrup blev hoveriarbejde afskaffet i 1825 og den sidste fæstegård købte sig fri i 1844. Det var ikke tilladt herremanden at inddrage bøndergods under hovedgården, så hovedgårdens areal er næsten helt det samme i dag som i 1794.
Lunn lod Dortheaslyst opføre i 1799, som enkesæde til sin hustru Dorthea Knudsen. Hun døde så tidligt, at hun aldrig kom til at bo der.
Han indkaldte to stensættere fra Fyn, som opførte 15 km. stendiger rundt om ejendommen. Stendigerne er her endnu.
I 1861 lod Villars Lunn den nuværende hovedbygning opføre. Bygningen er tegnet af den 25-årige arkitekt Vilhelm Dahlerup. Dahlerup tegnede siden et utal af kendte bygninger i København.
Knabstrup har altid anvendt sit eget ler til brænding af mur- og tagsten. Deraf bl.a. navnet Teglovnsskoven. I anden halvdel af 1800-tallet kom der gang i industriel produktion af tegl. Teglværket blev en af egnens største arbejdspladser; derved opstod stationsbyen Knabstrup mellem Bakkerup og Vented.
I perioden 1915 til 1933 måtte familien Lunn afhænde Dyrehavegård, Dortheaslyst, Knabstrup Vandmølle, Frederikshøj, Sdr. Jernløse Kirke, Søstrup Kirke og 17 hektar skov. De samlede ejendomme skrumpede på den måde fra et areal på knapt 1000 hektar til hovedgårdens nuværende 485 hektar.
I 1932 omdannede ejendommen til et A/S og aktierne blev lagt ind i en erhvervsdrivende fond.
A/S Knabstrup Gods drives i dag med bortforpagtet landbrug, medens skoven drives af godset selv.
Jagten har siden 1920erne været udlejet til et jagtkonsortium. Desuden er der ni udlejningshuse under godset.
Hovedbygningen anvendes i dag af medlemmer af slægtsforeningen Lunn Samfundet til alskens arrangementer.